Sokan használják egymás szinonimájaként a raktárkezelő és a készletnyilvántartó fogalmakat, azonban valójában ez a két szó két eltérő típusú programot takar.

A raktár programokat olyan helyeken (pl. raktárban) használják, ahol nem kell számlákat kiállítani, csupán a termékek árukészletének nyilvántartására, nyomon követésére van szükség. Ezzel szemben a készletnyilvántartó programokat olyan helyeken (pl. bolt, iroda, stb.) használják, ahol az árukészletek nyilvántartásán túl szükség van számlák kiállítására is, kereskedelem zajlik és vevőket kell kiszolgálni. Alapvetően a fő különbség a két típusú program között, hogy a raktárkezelő programban nincs számlázási funkció, a készletnyilvántartó programban pedig van.

A táblázatban látható két program között a másik fontos különbség, hogy a NATURASOFT Raktár Start raktárkezelő program korlátlan számú raktár elkülönített készletkezelésére is képes és olyan speciálisan raktárkezelésre hangolt funkciókat is tartalmaz, mint például a polchely kezelés. Gyakran választják ezt a programot belső készletnyilvántartáshoz is.

A NATURASOFT Készlet és Számla Start ezzel szemben egy belépőszintű, egyszerűen kezelhető készlenyilvántartó és számlázó program, ami a kiskereskedelmet támogató funkciókat tartalmaz, így számlázási funkcióval is rendelkezik.